《辐射2》故事是以寻找“伊甸园工具箱”为主线，通过完成这些任务可以增加升级所必须的经验值。游戏主要依靠对话来推动情节的发展，对话内容就是你下一步的行动指南。
《辐射2》故事是以寻找“伊甸园工具箱”(Garden of Eden creation kit)为主线，其间加杂着多不胜数的分支情节和任务，通过完成这些任务可以增加升级所必须的经验值。在游戏中，玩家还可以让多名NPC加入自己的队伍， 通过利用这些NPC的各种技能(不单是战斗方面的技能)，可以帮助自己来完成一些困难的任务。另外，游戏主要依靠对话来推动情节的发展，与一些NPC谈 话，可以得到不少重要信息，而这些情报往往就是你下一步的行动指南。
在浩劫后的荒地中，种族歧视仍然严重，但比起前一代已经改善了很多。例如有个由超级变种人和人类共同开创的矿区小镇(Broken Hills)，队员中也出现了全身溃烂的 Ghoul医生、超级变种人警长、会说话的可怕变种生物(deathclaw)。
一代中很多情节依然出现在二代的游戏中，让老玩家倍感温馨。如沙漠小镇Shady Sands发展为加州共和国(NCR)，当初被强盗抓走的小女孩Tandi 成了总统；从Master一起被丢入病毒槽的Honard，如今在核电城市领导着 Ghoul一族。此外，还有Vault 13、Vault 15也同样出现在世界地图上任人凭吊。
隐藏在二代中的幕后黑手竟然是战后的联邦政府。他们手握战前的尖端科技(如直升机、超级护甲)，却勾结奴隶贩子、赌场等黑社会组织，无恶不作，还掳走你村庄中的无辜人民进行人体实验。所以主角的最终任务就是摧毁这个邪恶的组织，和你的祖先一样拯救世界。
在故事中，你要经过克拉马斯、丹恩、瑞丁、新里诺、地下掩体市、蜥蜴城、新加洲共和国等城市，最终找到一代的十三号避难所，取得伊甸园创造器， 但此时，总统率领的“英克雷军”抓走了你的村人，要拿他们实验FEV病毒，并想通过播撒FEV杀死世界上所有受过核辐射的“变种人”为了拯救你的村人，你 在三藩市找到能够到达英克雷总部的油轮，乘油轮到英克雷总部，暗杀美国总统，炸毁英克雷总部，救出了村人，而且拯救了世界。
该游戏的自由度极高，你可以在游戏世界中任意游荡，不受剧情的限制。本作含有海量支线任务和隐藏要素，堪称博大精深；另外，设计人员在这款游戏 中加入了非常非常多对名著、名人的恶搞和COSPLAY，所以发掘这些内容也成为了玩家的一大乐趣；值得一提的是，游戏中人物的对白或自言自语相当搞笑， 不时能看到惊人的言语出现在人物的头上。这一切显示出制作组惊人的创作才能，使得黑岛在玩家中获得了很高的评价。
